Gouw Kho, seorang pedagang dari Tiongkok yang saat itu berusia 25 tahun tiba di Jakarta pada tahun 1874. Ia menjadi anggota jemaat Patekoan (sekarang Jalan Perniagaan) yang bertumbuh oleh pelayanan Gan Kwee yang dimulai sejak tahun 1868. Gouw Kho menghibahkan sebidang tanah dengan empat buah rumah yang terletak di jalan Patekoan 1 Jakarta sebagai tempat ibadah sehingga jemaat tidak perlu berpindah-pindah tempat untuk menyelenggarakan kebaktian. Setelah Gouw Kho meninggal, putranya, Gouw Khiam Kiet melanjutkan pelayanan di jemaat Patekoan. Kedatangan Dr. John Sung dari Tiongkok pada tahun 1939 sangat berdampak terhadap jemaat Patekoan. Kedatangan tentara Jepang pada tahun 1942 menyebabkan kerusakan jalan sehingga pelayanan terhadap jemaat-jemaat pun terputus. Pelayanan Jemaat Patekoan melahirkan Jemaat GKI Pinangsia dan GKI Kanaan sekitar tahun 1952. Pada tahun 1973, Jemaat GKI Kanaan membeli sebidang tanah di Jalan Jembatan Dua dan mendirikan gedung gereja.

Sejak tahun 1992, Pdt. Willy Berlian memprakarsai Panitia Misi Pelayanan Riau (PMPR) yang kemudian memulai pelayanan misi ke Sumatera dan mendirikan jemaat Batam, Pekanbaru, Jambi dan Tanjungpinang. Setelah PMPR dibubarkan pada tahun 1993, dibentuklah Duta Misi Sumatera sehingga Jemaat yang pada saat itu berada di bawah naungan Gepembri diserahkan kepada Sinode GKI dan menjadi asuhan GKI Kanaan. Ev. Yohanes Tan dan kemudian Ev. Siaw A Lung ditempatkan untuk melayani di jemaat yang pada saat itu berstatus sebagai Bakal Jemaat GKI Kanaan. Setelah lulus dari sekolah Teologia di Trinity Theological College, Singapore, Ev. Hubertus Surif dan istrinya, Ev. Esther Dang bergabung pada tahun 2000. Pada tanggal 22 Mei 2002, jemaat tersebut dikaruniai sebidang tanah yang berukuran 9.380 m2 di Komplek Perumahan Taman Duta Mas, Batam Centre.

Pada tahun 2003, Bakal Jemaat GKI Kanaan yang menempati ruko Nagoya Plaza dipindahkan ke ruko di daerah Jodoh sambil membangun gedung fasilitas dalam Komplek Perumahan Taman Duta Mas di jalan Boulevard IV No. 28. Proyek Pembangunan Tahap I dimulai pada bulan April 2004 dan selesai pada bulan Agustus 2005. Kebaktian Pelembagaan Jemaat diselenggarakan pada tanggal 4 Oktober 2005, bersamaan dengan peneguhan Pendeta Willy Berlian sebagai pendeta GKI dengan basis pelayanan di GKI Duta Mas. Pada tahun 2006, Ev. Andi (dari GKI Kota Modern) yang beralmamater Sekolah Teologia SAAT Malang bergabung. Pnt. Andi kemudian ditahbiskan sebagai pendeta GKI dengan basis pelayanan di GKI Duta Mas pada tanggal 19 April 2010.

Setelah kebaktian emeritasi Pdt. Willy Berlian pada tanggal 22 Mei 2014 yang menyandang tema “mencapai garis akhir”, estafet kepemimpinan jemaat dipercayakan kepada Pdt. Andi yang kemudian menjabat sebagai Ketua Umum Majelis Jemaat dari April 2014 - Maret 2016. Pdt. Andi melayani di GKI Duta Mas hingga akhir Oktober 2016 sebelum beliau mutasi ke GKI Kanaan.

Pada tanggal 2 November 2015, Ev. Lan Yong Xing lulusan Trinity Theological College Singapore pada tahun 2005 ditahbiskan sebagai pendeta GKI dengan basis pelayanan di jemaat ini. Pada tanggal 1 Februari 2021, Pnt. Anthonius Widjaja ditahbiskan sebagai pendeta GKI dengan basis pelayanan di GKI Duta Mas. Majelis Jemaat juga mengutus tiga kader untuk studi teologia, dan kemudian bergabung kembali dalam pelayanan, yakni Ev. Malemmita (2021 - UKDW), Ev. Wennie (2022 - TTC Singapore) dan Ev. Yohanes Sung (2023 - SAAT).

Pada tanggal 12 Agustus 2017, Majelis Jemaat membeli 2 unit ruko di Tanjungpinang untuk pengembangan pelayanan di Tanjungpinang. Kiranya GKI Duta Mas dapat berperan dalam misi Allah, yakni pembaruan yang dikerjakan melalui Anak di dalam Roh Kudus. Firman Tuhan di Efesus 4:23-24 mengingatkan, “Supaya kamu dibaharui di dalam roh dan pikiranmu, dan mengenakan manusia baru, yang telah diciptakan menurut kehendak Allah di dalam kebenaran dan kekudusan yang sesungguhnya.”

Soli Deo Gloria!